Črevná mikroflóra zohráva dôležitú úlohu nie len v rámci tráviaceho traktu. Reguluje mnohé metabolické a fyziologické funkcie, stimuluje rozvoj imunitného systému a pomáha organizmu lepšie sa adaptovať v novom prostredí a udržiavať stabilný zdravotný stav. Proces tvorby črevnej mikroflóry dieťaťa začína už v maternici a pokračuje počas tehotenstva, pôrodu a dojčenia. Takzvaná mikrobiálna kolonizácia dieťaťa mikroorganizmami matky a z prostredia je najintenzívnejšia počas pôrodu a v popôrodnom období. To sú najkritickejšie štádiá formovania mikroflóry dieťaťa, od ktorých sa do značnej miery bude odvíjať jeho zdravotný stav v ďalšom živote. Zloženie vznikajúcej mikrobioty závisí od mnohých faktorov (viď. obr. 1).

Vaginálne infekcie alebo paradentóza u matky môžu umožniť baktériám preniknúť do maternice. Mikroorganizmy z čriev a ústnej dutiny sa môžu prenášať krvným obehom z matky na plod. Počiatočný súbor mikroorganizmov novorodenca závisí od spôsobu pôrodu (prirodzený pôrod alebo cisársky rez). Popôrodné faktory, ako je užívanie antibiotík, strava (dojčenie alebo umelá výživa a zavedenie pevnej stravy), vplyv okolitého prostredia a genetika dojčaťa ďalej ovplyvňujú mikroflóru dieťaťa. S vekom sa detská mikroflóra postupne začne podobať mikroflóre dospelého – zvyčajne sa tak stane do troch rokov veku. [Tamburini, S., et al. (2016). The microbiome in early life: implications for health outcomes. Nature Medicine, 22(7), 713–722]

V prvých dňoch života dieťaťa je črevná mikroflóra rôznorodá a jej zloženie sa veľmi rýchlo mení. Po prirodzenom pôrode je tráviaci trakt dieťaťa intenzívne osídlený aeróbnymi baktériami (ktoré vyžadujú prítomnosť kyslíka) a fakultatívne anaeróbnymi baktériami (ktorých životná aktivita nezávisí od prítomnosti kyslíka), takými ako Escherichia coli a inými enterobaktériami, enterokoky a stafylokoky, ktoré znižujú koncentráciu kyslíka v črevách, a tak vytvárajú vhodné podmienky pre ďalšiu kolonizáciu tzv. obligátnymi anaeróbmi (mikroorganizmami schopnými rásť a rozmnožovať sa len v prostredí, v ktorom nie je kyslík). Od konca prvého týždňa života dieťaťa začínajú v črevnej mikrobiote dominovať obligátne anaeróby (bifidobaktérie, bakteroidy a klostrídie), čo vedie k potlačeniu aeróbnych baktérií. Zdrojom bifidobaktérií a bakteroidov pre dieťa je spravidla črevná mikroflóra matky.[1]

U detí narodených cisárskym rezom má črevná mikroflóra svoje vlastné charakteristiky. Tieto deti nezískali počas pôrodu od matky pošvovú a črevnú mikroflóru a hlavným zdrojom mikroorganizmov je pre nich mikrobiota kože matky, zdravotníckeho personálu, pôrodnej sály a pôrodníc. Po cisárskom reze sa matkám zvyčajne predpisujú antibiotiká a dojčenie často začína neskoro a je krátkodobé, čo môže ovplyvniť aj zloženie črevnej mikroflóry bábätka. Spôsob pôrodu je preto dôležitým faktorom ovplyvňujúcim formáciu a zloženie mikroflóry dieťatka.[2] Tento faktor sa samozrejme v mnohých prípadoch nedá ovplyvniť, bezpečnosť dieťatka a matky je prvoradá a navyše dnes existuje mnoho spôsobov, ako prospešné baktérie dieťatku dodať.

Významný vplyv na mikrobiotu novorodenca majú aj spôsob kŕmenia a prostredie.  Materské mlieko je dôležitým faktorom pri tvorbe črevnej mikroflóry u dieťaťa, pretože obsahuje látky s antimikrobiálnym a prebiotickým potenciálom (stimulujúce rast prospešných mikroorganizmov):beta-laktóza, laktoferín, oligosacharidy, sekrečné imunoglobulíny A, leukocyty, lyzozým atď. Materské mlieko je hlavným zdrojom symbiotických mikroorganizmov pre dieťa: bifidobaktérie, laktobacily, enterokoky; obsahuje minimálne 10³ KTJ/ml živých baktérií a široké spektrum bakteriálnej DNA, vrátane bifidobakteriálnej DNA, ktorá dokáže naprogramovať imunitný systém novorodenca. Črevná mikroflóra výlučne dojčeného dieťaťa sa vyznačuje vysokým obsahom bifidobaktérií a nízkym obsahom klostrídií a E. coli[3]

U detí kŕmených umelým dojčenským mliekom v črevnej mikroflóre prevládajú enterokoky a klostrídie a naopak je nižší počet bifidobaktérií. Zavedením príkrmov dochádza k významným zmenám v zložení črevnej mikroflóry dojčaťa, stáva sa rozmanitejšou s prevahou laktobacilov, zvyšuje sa počet zástupcov obligátnych anaeróbov a mení sa vnútrodruhové zloženie niektorých baktérií. Bakteroidy začnú byť stálymi predstaviteľmi črevnej mikrobioty v druhom pol roku dieťaťa keď sa začne zavádzať príkrm[4].

Výrazné zmeny v zložení črevnej mikroflóry nastávajú pri zavedení „dospeláckych“  jedál do jedálnička dieťaťa. Zvýši sa nielen celkový počet baktérií ale aj tzv. produktov ich činnosti. Baktérie totiž produkujú mastné kyseliny s krátkym reťazcom (napr. octovú, propiónovú, maslovú), ktoré hrajú dôležitú úlohu pri normálnom trávení, energetickom metabolizme, látkovej premene a dokonca aj fungovaní nervovej sústavy.  Keď sa teda dieťa začne pravidelne kŕmiť tuhou stravou, v jeho črevách sa prudko zvýši obsah bakteroidov – baktérií, ktoré sa „špecializujú“ na rozklad komplexných rastlinných cukrov. Strava s vysokým obsahom rastlinných potravín podporuje rozmanitú a prospešnú črevnú mikrobiálnu komunitu, ako aj primeranú produkciu energetických substrátov a metabolitov nevyhnutných pre ľudské zdravie. Zloženie črevnej mikroflóry výrazne ovplyvňuje aj bydlisko dieťaťa, čo sa dá vysvetliť rozdielmi v stravovaní a životnom štýle v rôznych častiach Zeme.  Deti narodené v chudobných oblastiach rozvojových krajín získavajú baktérie skôr a ich rozmanitosť je tiež väčšia ako u deti v bohatých, vysoko rozvinutých spoločnostiach. U novorodencov v rozvinutých krajinách absentujú enterobaktérie, ktoré predstavujú konkurenciu pre stafylokoky a tak sú ich črevá častejšie kolonizované kožnými baktériami druhu Staphylococcus epidermidis. Medzi odborníkmi preto vzniká obava, že zmeny v procesoch mikrobiálnej kolonizácie spojené s nadmernými hygienickými opatreniami môžu mať globálny nepriaznivý vplyv na vývoj imunitného systému dojčiat. Výskumné údaje poukazujú na rozdiely v zložení črevnej mikroflóry u detí žijúcich v rôznych geografických oblastiach a krajinách, ktoré môžu súvisieť s rôznymi sanitárnymi a hygienickými podmienkami, rôznou úrovňou lekárskej starostlivosti, stravovacími návykmi detí či národnými zvykmi.[5]

Jedným z prevládajúcich rodov mikroorganizmov v dojčenskom veku sú bifidobaktérie. Tie u zdravého dojčeného dieťaťa prevládajú a zohrávajú rozhodujúcu úlohu pri vývoji novorodencov. Znížené hladiny bifidobaktérií sú azda najčastejšie pozorovanou zmenou v črevnej mikroflóre pri detských ochoreniach. Okrem toho sú kmene bifidobaktérií dobre preskúmané z hľadiska ich probiotických vlastností.

Raná črevná mikrobiota je veľmi nestabilná a citlivá na vonkajšie faktory, čo platí najmä pre bifidobaktérie. Znížené hladiny bifidobaktérií môžeme pozorovať pri rôznych patologických perinatálnych stavoch, napríklad u predčasne narodených detí alebo detí po cisárskom reze, po liečbe antibiotikami a u jedincov, u ktorých sa neskôr rozvinú rôzne metabolické ochorenia, ochorenia imunitného systému a nervového systému. Podávanie antibiotík v novorodeneckom období teda môže viesť k zníženiu diverzity črevnej mikroflóry, čím sa dieťa stáva náchylnejším na infekčné a niektoré neinfekčné ochorenia, ako sú alergické ochorenia v prvom roku života a bronchiálna astma, zápalové ochorenia čriev, či obezita v neskoršom veku.[6] Metabolity črevných mikróbov hrajú dôležitú úlohu pri tvorbe a funkcii mozgu, a tak môžu ovplyvniť kognitívne funkcie a správanie dieťaťa.

Tieto úvahy spolu s možnosťou bezpečného používania bifidobaktérií ako probiotík z nich robia vhodných kandidátov na použitie na preventívne alebo terapeutické účely v ranom veku, keď je ohrozená správna tvorba črevnej mikrobioty. Bifidobaktérie v klinických skúškach vykazujú sľubné výsledky, najmä u predčasne narodených detí a pri hnačkách. Očakáva sa, že budúce vedecké objavy umožnia lepšie pochopiť úlohu bifidobaktérií v ranom veku a na ich základe vyvinúť produkty, ktoré pomôžu účinne predchádzať ochoreniam a naprávať črevnú mikrobiotu.